Автономная церковь (от греч. само—законие) в православии — поместная Церковь, получившая самостоятельность в вопросах внутреннего управления от той или иной автокефальной церкви, в состав которой данная автономная церковь входила ранее на правах экзархата или епархии. Глава автономной церкви избирается на поместном соборе с последующим утверждением патриархом автокефальной Церкви. Имя предстоятеля автокефальной церкви возглашается во всех храмах автономной церкви перед именем её предстоятеля.

Зависимость автономной церкви от автокефальной выражается в следующем:

автономная церковь получает от неё миро;
предстоятель автономной церкви подсуден её высшей судебной инстанции.
Статус понимается как формально-правовой и не должен смешиваться с так называемые самоуправляемыми Церквами в составе Московского Патриархата, каковыми по Уставу РПЦ являются: Латвийская Православная Церковь, Православная Церковь Молдовы, Эстонская Православная Церковь,Украинская Православная Церковь — «самоуправляемая с правами широкой автономии»,Русская Православная Церковь Заграницей — «с учетом Акта о каноническом общении от 17 мая 2007 года, а также Положения о Русской Православной Церкви Заграницей с изменениями и дополнениями, внесенными Архиерейским Собором Русской Зарубежной Церкви 13 мая 2008 года».

В настоящее время существует пять автономных Церквей:

Синайская Православная Церковь зависима от Иерусалимской церкви.
Финская Православная Церковь (около 75 тыс. чел.) зависима от Константинопольской Церкви.
Китайская Православная Церковь исторически находится в юрисдикции Московского Патриархата;Японская Православная Церковь (36 тыс. чел.) зависима от Русской Церкви.
Предстоятель Синайской Архиепископии с центром в монастыре св. Екатерины на Синае поставляется от священноначалия Иерусалимской Церкви.

Эстонская Апостольская Православная Церковь была учреждена Константинопольским Патриархатом параллельно уже существовавшей на территории Эстонии самоуправляемой Эстонской православной Церкви Московского Патриархата.

Критская православная церковь с 1965 года имеет статус полуавтономии в составе Константинопольского патриархата.